Die Fertigstellung des 28,9 km langen Abschnitts der Thüringer Bahn von Gotha nach Eisenach am 24. Juni 1847 erhielt Wutha einen Haltepunkt mit einem kleinen Wartehäuschen. Der zweite Bahnsteig wurde als Außenbahnsteig angelegt, was für die damalige Zeit recht ungewöhnlich war. Damit wurde die Sicherheit erhöht, da die Reisenden nicht über die Gleise laufen mussten. Erst später führte man diese Art der Bahnsteiganordnung auch in anderen Bahnhöfen ein. Die Gleise für die Güteranlagen wurden erst nach 1873 im Zuge des Baus eines Güterschuppens ausgebaut. Das Bedienen der Ortsgüteranlage erforderte das Sperren der Hauptgleise. Am 10. Juli 1880 wurde die 7,31 km lange Nebenstrecke nach Ruhla für den Güterverkehr und am 15. September 1880 für den Personenverkehr in Betrieb genommen. Betreiber war die Ruhlaer Eisenbahn - Gesellschaft. Das Empfangsgebäude und der Güterschuppen sind heute noch in ihrer Grundsubstanz erhalten geblieben. Am 24. September 1967 legte die Reichsbahn die Strecke nach Ruhla still. Das Empfangsgebäude von Wutha wurde bis 1994 noch vollständig genutzt.